Ammattikalastus
Ammattimainen kalastus Merenkurkussa ja Selkämerellä vaikuttaa myös Kalajoen kalakantoihin. Esimerkiksi Kalajokeen nousevat vaellussiiat viettävät suurimman osan syönnösajastaan juuri näillä merialueilla. Toisaalta kalastajien saama saalis riippuu jokialueilla lisääntyvien tai sinne istutettujen siikojen määrästä. Vaellussiika on tärkeä saaliskala niin taloudellisesti kuin määrällisestikin. Ylivoimaisesti suurin saalis Suomen merialueilla on kuitenkin vuodesta toiseen silakkasaalis.
Vaellussiikasaalis kasvoi nopeasti Selkämerellä ja Merenkurkussa 1980-luvun lopulla ja 1990-luvun alussa. Korkeimmillaan se oli vuonna 1991, jolloin saalis oli yli 880 tonnia. Sen jälkeen siikasaalis on laskenut merkittävästi ollen 2000-luvulla alle puolet ennätystasosta.
Kalastuksen kasvava paine on aiheuttanut muutoksia siikapopulaatiossa. Esimerkiksi Kalajokeen nousevien vaellussiikojen keskimääräinen koko ja ikä on laskenut, sillä kalastus kohdistuu voimakkaimmin suurimpiin yksilöihin, jotka ovat yleensä myös iäkkäämpiä ja kasvavat nopeammin kuin lajitoverinsa.
Siikasaaliiden kasvu oli suurimmaksi osaksi seurausta pyyntimäärän kasvusta ja pyyntimenetelmien muutoksesta. Siikojen rysäpyynti lähes kaksinkertaistui 1990-luvun alussa. Sen jälkeen pyynti on Merenkurkussa vähentynyt 1980-luvun tasolle, mutta Selkämerellä pyyntiponnistus siikarysällä on jatkunut suurena.
Verkkokalastus väheni väliaikaisesti 1980-luvun puolenvälin jälkeen Merenkurkussa ja Selkämerellä. Pyyntiponnistus on verkkovuorikausina mitattuna tämän jälkeen kasvanut merkittävästi etenkin Selkämerellä. Verkkojen silmäkoon pieneneminen 2000-luvulla on lisännyt pienikokoisten yksilöiden riskiä jäädä saaliiksi ennen kuin ne ehtivät ensimmäisellekään kutuvaellukselle.
Pyyntiponnistuksen kasvu ei ole enää 1990-luvun lopun jälkeen tuonut kasvua saaliin kokonaismäärään. Myös ammattimaisesta kalastuksesta elantonsa saavien määrä on laskenut merkittävästi tarkastellulla ajanjaksolla 1980-2009. Pienikokoisen nuoren siian pyynti on todennäköisesti pienentänyt kutevan kannan kokoa. Lisäksi muun muassa hyljekannan kasvu merialueella on vaikuttanut kalastukseen.
Siikaistutukset ovat kompensoineet suuria pyyntimääriä sen ohella, että niiden varsinaisena tarkoituksena on ollut Kalajoen vesistöjärjestelyistä kalakannoille koituneen haitan korvaaminen.
