Säännöstellyt vesistöt ja voimalaitokset
Kalajoen vesistöalueeseen kuuluu yhdeksän säännösteltyä järveä tai tekojärveä. Ne on rakennettu vesistöhankkeiden yhteydessä 1960- ja 1970-luvuilla. Kooltaan suurin on Haapajärvellä sijaitseva Hautaperän tekojärvi, joka rakennettiin 1971–1975. Korpisen, Iso-Juurikan, Kiljanjärven ja Reis-Vuohtojärven vedet ohjataan Kalajan kanavan kautta Hautaperään. Myös Kuonanjärven vedet ohjataan Hautaperän altaaseen Kuonanjoen kanavan kautta. Settijoen vedet on käännetty Jämsänkosken säännöstelypadon ja Oksavan voimalaitoksen yläpuolelle.
Vedenkorkeuden vuosivaihtelussa on suuria eroja järvien välillä. Luonnontilaisen järven vedenkorkeus vaihtelee keskimäärin 0,93 m, kun esimerkiksi Hautaperän tekojärven vedenkorkeus on vaihdellut 1997–2006 keskimäärin yli 9 metriä vuoden aikana, mikä on valtakunnallisestikin kärkiluokkaa. Hautaperän säännöstelytilavuus (48 milj. m3) onkin noin puolet koko vesistön säännöstelytilavuudesta. Kuitenkaan useaa Kalajoen vesistöalueen järveä ei säännöstellä niin voimakkaasti kuin se nykyisten lupaehtojen mukaan olisi mahdollista.
Kalajokeen on rakennettu neljä yhä toiminnassa olevaa voimalaitosta. Lisäksi alueella on pienempiä yksityisten omistamia laitoksia Kalajoen Tyngällä, Vääräjoen jokikylässä ja Siiponjoen alaosalla.
Padot on patoturvallisuuslain mukaan luokiteltava niiden mahdollisesta murtumisesta aiheutuvan uhan perusteella ja selvitettävä murtumisen aiheuttamat vahingot. Esimerkiksi Hautaperän altaan pato (Hinkua) on luokiteltu 1-luokkaan, mikä tarkoittaa, että sen mahdollinen pettäminen aiheuttaisi vaaraa ihmisten hengelle, terveydelle ja omaisuudelle. Pahimmassa tapauksessa vaikutukset ulottuisivat alajuoksulle Pidisjärvelle saakka vuorokauden sisällä murtumisesta.