Järvien kunnostaminen
Rehevöityneiden järvien kunnostamiseksi ja ekologisen tilan parantamiseksi käytetään yleensä keinoja, jotka vähentävät sekä ulkoista että sisäistä kuormitusta. Ulkoisen kuormituksen vähentämiseen liittyvät kiinteästi valuma-alueella toteutetut vesiensuojelutoimet muun muassa maa- ja metsätaloudessa (esimerkiksi kosteikot) sekä jätevesien käsittelyssä. Sisäistä kuormitusta voidaan vähentään poistokalastuksella (ravintoketjun kunnostus), hapetuksella ja joissain tapauksissa myös saostamalla fosforia kemiallisesti. Vesikasvien niitto ja poisto, järven tilapäinen kuivattaminen, vedenpinnan nosto ja säännöstelyn kehittäminen tukevat myös virkistyskäytön tavoitteita. Lisäksi kunnostukseen sisältyy usein ranta-alueiden hoito.
Kalajoen vesistöalueella merkittävimpiä 2000-luvulla toteutettuja järvikunnostuksia on ollut rehevöityneen ja umpeenkasvusta kärsineen Reisjärven Kyrönlahden ruoppaus. Lisäksi Reis-, Vuohta- ja Kiljanjärveä on kunnostettu vuosina 2012-2014 muun muassa poistokalastuksella, vesikasveja niittämällä ja kosteikkoja rakentamalla. Pienistä järvistä tai lammista on kunnostettu muun muassa Haapajärvellä sijaitseva Kuusaanjärvi. Rehevöitymisestä ja umpeenkasvusta kärsineen järven vedenpintaa nostettiin ja rantoja kunnostettiin hankkeessa, joka saatiin päätökseen vuonna 2004. Myös Jyringinjärven pintaa on nostettu järven kunnostamiseksi. Uudelleen on vesitetty Settijärveä ja Kuonanjärveä. Uudelleen vesittämisellä on voitu parantaa valuma-alueen vedenpidätyskykyä, mikä on osaltaan auttanut ehkäisemään tulvia. Yleisesti vedenpinnan noston käyttöä kunnostuskeinona rajoittaa kuitenkin se, että kuivatettujen tai laskettujen järvien rannoille on saatettu rakentaa kiinteistöjä.