Virtavesien kunnostukset
Elinympäristöjen monipuolisuuden lisäämiseen tähtääviä toimenpiteitä ovat esimerkiksi virtavesien kunnostukset, joissa on pyritty palauttamaan uoman rakennetta muun muassa tukinuiton ja erilaisten vesistöjärjestelyiden tarpeisiin tehtyjä muutoksia edeltäneseen tilaan. Esimerkiksi Kalajoen keskiosan vesistöjärjestelyyn liittyvänä velvoitteena on kunnostettu joen alaosa, monimuotoistettu rantaviivaa ja lisätty ravuille soveltuvia elinalueita joen keskiosalla. Vuosina 2001–2004 kunnostettiin 55 ha voimakkaan virtaaman paikkoja Kalajoessa. Vääräjoen kalataloudellisia kunnostustöitä on tehty vaiheittain uoman eri kohdissa. Viimeisin vaihe Vääräjoen kalataloudellisessa kunnostuksessa aloitettiin Sievin alueella kesällä 2014 ja sitä jatkettiin 2015. Suunnitelma Siiponjoen kunnostamiseksi valmistui puolestaan 2016.
Purojen ja pienten jokien kunnostustarve on Kalajoen vesistöalueella suuri, sillä purot sijoittuvat valuma-alueella maa- ja vesialueiden rajapintaan. Puron kunto kertoo siitä, paljonko ravinteita ja kiintoainetta kulkeutuu eteenpäin vesistössä, ja puroilla onkin suuri merkitys koko vesistön veden laatuun. Kalajoen vesistöalueen pienistä virtavesistä kunnostussuunnitelmia on jo olemassa mm. Lohijoelle, Pylväsojalle ja Vääräjokeen laskevalle Petäjäojalle.
Luonnonmukaisissa puroissa sekä kosteikoissa vesi viipyy pidempään kuin suoriksi peratuissa uomissa. Pidempi viipymä voi osaltaan pienentää virtaaman piikkejä ja siten loiventaa tulvahuippuja joen alajuoksulla tulva-aikana. Tulvasuojelun alaisilla osuuksilla joen ekologisen tilaa voidaan parantaa monimuotoistamalla suoristettua rantaviivaa poistamalla tai luonnonmukaistamalla rantasuojauksia, poistamalla penkereitä tai siirtämällä niitä kauemmas rantaviivasta sekä palauttamalla tulva-alueita hallitusti. Kalajoessa esimerkiksi Niemelänkylän pengeralueen peruskorjauksen osana monimuotoistetaan myös rantaviivaa.
Veden vähyydestä kärsivien luonnonuomien ja tulvasuojelun tarpeisiin voimakkaasti perattujen uomien kunnostamiseksi voidaan rakentaa matalia, monimuotoisia tekokoskia tai pohjapatoja vesitetyn alueen lisäämiseksi ja vesisyvyyden kasvattamiseksi. Vesisyvyyttä on lisätty muun muassa Kalajanjoessa ja Kuonanjoessa.
Kunnostusten vaikutusten seurantaan kiinnitetään yhä enemmän huomiota. Kunnostuksen jälkeisinä vuosina on syytä selvittää, onko ekologinen tila todella kohentunut ja onko esimerkiksi vaelluskalojen paluusta merkkejä. Aina kunnostuksen tulokset eivät vastaa odotuksia, ja lisää tutkimusta kunnostusmenetelmien vaikuttavuudesta tarvitaankin yhä. Vääräjoki on yhtenä kohteena mukana Suomen ympäristökeskuksen laajassa REFORM-hankkeessa, jossa vuosien 2012–2015 aikana selvitetään tehokkaita kunnostusmenetelmiä jokien hyvän tilan saavuttamiseksi.
